Fleuves et rivières
Les plus grands fleuves sont le Tirso (150 km), le Coghinas (123 km) et le Flumendosa (122 km).

Mais le seul fleuve navigable est le Temo qui se jette dans la mer à Bosa, sur la côte ouest.
En été, après une longue saison sèche, de nombreux fleuves sont à sec. Ceci explique la clarté des eaux de mer.

Lacs
Il n'existe en Sardaigne qu'un seul lac d'eau douce naturel, le Lago Baratz près de Alghero (nord-ouest). Les autres lacs sont artificiels parmi lesquels les lacs Omodeo, Coghinas et Flumendosa.

Lagunes et zones humides
Un aspect important de l'hydrographie en Sardaigne sont les zones humides protégées par l'UNESCO (convention Ramsar).
Parmi les plus importantes, on citera les lagunes de Cabras (3.575 ha), Cagliari (3.466 ha), Stagno di Corru S'Ittiri, San Giovanni e Marceddi (2.610 ha), Mistras (680 ha), Molentargius, (1.401 ha), Pauli Maiori (287 ha), S'Ena Arrubia (223 ha), Sale Porcus (330 ha).