Les grottes en Sardaigne ne sont pas seulement intéressantes pour leur aspect géologique mais aussi pour les sites archéologiques qui y ont été découverts.

Parmi les plus remarquables, on citera la Grotta di San Michele (Ozieri) où des vestiges archéologiques de la culture Ozieri (3.500 – 2800 av J.C.) furent découverts et la Grotta Verde (Alghero) où, parmi les piliers stalagmitiques, furent découvertes des traces humaines datant des débuts de l'âge de pierre.

Il y a quelques 300 millions d'années, la fameuse grotte karstique Grotta di San Giovani (Domusnovas) était déjà parcourue par la rivière Rio Sa Duchessa.

Au voisinage de Cala Gonone se trouve la grotte karstique fossile Grotta Ispingoli de 11 km de long, nommée ainsi en raison de son pilier stalagmitique de 36 m de haut, appelé i spinni goli (traduisez "l'épine dans la gorge"), le deuxième plus grand pilier du monde. La grotte date du jurassique (180 – 169 millions d'années) et a en son sein un gouffre de 35 m de profondeur. Il est prétendu que les Carthaginois (Puniques) sacrifiaient de belles vierges en les y précipitant.

Sur le golf de Orosei, dans la Grotta del Bue Marino (5 km de long, seulement accessible par mer) vivaient, il y a encore quelques années, une petite colonie de phoques moines (bue marino = "bœuf marin").

La Grotta di Nettuno, sur le Capo Caccia (Alghero), est également bien connue. Située juste au-dessus du niveau de la mer, on ne peut y accéder que par mer quand celle-ci est calme, ou par un étroit escalier de 652 marches.